O Funsep é uma instituição que existe para dar assistência à saúde dos servidores do Poder Judiciário e seus dependentes. O Fundo foi criado em 1983, por um decreto da Presidência do Tribunal de Justiça. A sua administração é feita por um Conselho Diretor do qual fazem parte quatro servidores. Com um quadro próprio de funcionários, o Funsep está instalado no Centro Cívico, na rua Mateus Leme, 1470. Desde o dia 1º de março de 2006, o atendimento está sendo feito pelo sistema Unimed, que atinge todo o território do País.